原料上的不同从原料上看，六堡茶原料是广西大叶种或六堡群体种，当然以六堡群体种为最佳，因为六堡独特的地形气候，形成了“山高日照短，雾浓雨水多，昼夜温差大”的独特环境，使得六堡茶内含物质与别的茶叶有很大的区别，因此而形成六堡茶独特的韵味。而普洱茶是以云南大叶种晒青毛茶为主要原料制作而成的，叶形和条索均比六堡肥厚。
六堡群体种-小乔木型，内涵物质丰富
普洱茶树-高大的古茶树王
茶叶的制作工艺方法不同虽然同属黑茶，但是在制作的工艺上却有许多不同之处。六堡茶的制茶工艺步骤有杀青、揉捻、渥堆、复揉、干燥。六堡茶的工艺特色在于渥堆，所有的黑茶都被定义为后发酵茶，故黑茶类的茶皆有越陈越香的特点，但揉捻后的渥堆使六堡茶还有前发酵，形成后发酵所需的微生物优势种群。所以六堡茶的转化比普洱快也就不奇怪了。而普洱茶的制作工艺包括杀青、揉捻、晒干这几个环节。上面讲的都是毛茶，如果再蒸压成型就是生茶，当然六堡以竹箩和砖为主，普洱以饼为主。六堡与普洱熟茶的工艺是一样的，六堡60年代开始做，普洱借鉴了六堡，70年代开始做。
茶叶的外形和内质的不同
六堡茶外形条索粗壮，色泽黑褐光润，汤色透亮的琥珀色。香气醇陈、醇厚，其独特槟榔香更是让六堡茶名列中国名茶。滋味浓醇爽口，甘醇爽滑，清凉甘甜，叶底红褐色，因此，六堡茶以“红、浓、陈、醇”四绝著称。而普洱茶外形条索肥嫩、紧结，色泽黑褐或褐红。汤色红浓明亮，深红色为正常，香气陈醇，滋味醇和、爽滑、回甜。叶底柔软、肥嫩、红褐有光泽。
综合而言，六堡茶的地域范围要远小于普洱茶，所以六堡茶的风格更鲜明，尤其是其保健功效更是举世公认。如今,随着人民生活水平的提高,六堡茶的养生功效日益被人们所重视,成为茶叶市场的宠儿。而且随着传统畅销黑茶需求量和影响力的扩大,同属于黑茶系列的六堡茶的影响力与日俱增。